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動植物全基因組重測序
動植物全基因組重測序是(shì)對已知基因組序列的(de)物種進行DNA測序，并在(zài)此基礎上(shàng)完成個(gè)體或群體分析。通過序列比對，可以(yǐ)檢測到(dào)大(dà)量變異信息，包括單核苷酸多态性位點(SNP),插入缺失位點(Insertion/Deletion, InDel)、結構變異(Structure Variation, SV)位點，拷貝數變異(Copy Number-Variation, CNV)位點等，獲得同一(yī / yì ／yí)物種不(bù)同個(gè)體的(de)遺傳變異圖譜。利用全基因組重測序技術有助于(yú)快速發現與動植物重要(yào / yāo)性狀相關的(de)遺傳變異，應用于(yú)分子(zǐ)育種中，縮短育種周期。
優勢 01
滾環擴增構建DNB測序文庫，PCR-free重測序檢測lnDel更精準，無index hopping之(zhī)憂, 低dup rate無需人(rén)爲(wéi / wèi)幹預。
優勢 02
DNBSEQ-T20超高通量，
周期短、性價比高。
産品應用
目标性狀基因挖掘
群體遺傳學研究
變異圖譜構建
分子(zǐ)标記開發及
輔助選擇育種
物種/品種鑒定
動植物核心
資源普查
技術流程
技術參數
樣品要(yào / yāo)求
基因組DNA,無降解或輕微降解
樣品需求量(單次)
≥1ug
樣品濃度
≥12.5ng/uL
推薦數據量
個(gè)體重測序推薦30X以(yǐ)上(shàng)，群體重測序推薦10X以(yǐ)上(shàng)
案例分析
3K水稻重測序&泛基因組研究
研究背景
研究策略
3,010份水稻（來(lái)自全球89個(gè)國(guó)家和(hé / huò)地(dì / de)區）代表了(le／liǎo)全球78萬份水稻種質約95%多樣性的(de)核心種質。通過全基因組重測序，每個(gè)樣本平均測序深度14X，利用重測序數據共檢測到(dào)32Mb的(de)高質量SNPs和(hé / huò)InDels。對亞洲栽培稻群體的(de)結構和(hé / huò)分化進行了(le／liǎo)更爲(wéi / wèi)細緻和(hé / huò)準确的(de)描述和(hé / huò)劃分，由傳統的(de)5個(gè)群體增加到(dào)9個(gè)，分别是(shì)東亞（中國(guó)）的(de)袖稻、南亞的(de)袖稻、東南亞的(de)袖稻和(hé / huò)現代袖稻品種等4個(gè)袖稻群體，東南亞的(de)溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體、以(yǐ)及來(lái)自印度和(hé / huò)孟加拉的(de)Aus和(hé / huò)香稻。研究首次揭示了(le／liǎo)亞洲栽培稻品種間存在(zài)的(de)大(dà)量微細結構（＞100bp）變異（SVs，包括易位、缺失、倒位和(hé / huò)重複）。着重研究453個(gè)測序深度＞20X的(de)品系的(de)SVs，利用SVs構建的(de)進化樹與SNP構建的(de)進化樹類似。大(dà)量的(de)SVs可能是(shì)不(bù)同程度雜種不(bù)育和(hé / huò)XI與GJ雜種衰退的(de)遺傳基礎。同時(shí)構建了(le／liǎo)亞洲栽培稻的(de)泛基因組，包括12,770個(gè)（62.1%）核心（core）基因家族和(hé / huò)9,050個(gè)（37.9%）分散式（distributed）基因家族。發現了(le／liǎo)1.2萬個(gè)全長新基因和(hé / huò)數千個(gè)不(bù)完整的(de)新基因。核心基因比較古老，大(dà)多數的(de)新基因表現更年輕和(hé / huò)長度偏短。
最初測序3,024份水稻樣本，後來(lái)進行質控過濾掉14份，最終保留3,010份水稻樣本進行深度研究。3K RG測序數據比對到(dào)參考基因組日本晴Nipponbare上(shàng)檢泌SNPs、InDels。合并Nipponbare基因組序列和(hé / huò)無冗餘的(de)新組裝的(de)基因組序列構建泛基因組。利用測序深度＞20X，比對深度＞15X的(de)453個(gè)水稻材料進行SVs和(hé / huò)PAVs分析。a. 基因家族PAVsb. 泛基因組和(hé / huò)一(yī / yì ／yí)個(gè)單獨旳基因組旳組成成份c. 基于(yú)500個(gè)随機篩選旳水稻基因組模拟泛 基因組和(hé / huò)核心基因組d. 核心和(hé / huò)分散式基因家族比例e. 兩個(gè)品系間基因家族平均數量差異f. 5733主要(yào / yāo)群組不(bù)平衡基因家族特性
